Журнал «Нейрохирургия» основан в 1998 году. С самого начала журнал издается по 4 номера в год. Инициатива организации и издания журнала появилась в связи с быстрым развитием нейрохирургической специальности, методов обследования пациентов и появлением новых технологий. На тот момент в Российской Федерации был лишь один журнал, посвященный вопросам нейрохирургии и, на наш взгляд, оставалась нереализованной потребность во всестороннем освещении текущих вопросов нейрохирургии (анализа этиологии и патогенеза заболеваний нервной системы, эффективности лечения различными способами, внедрения новых методов диагностики и хирургического лечения), а также возможностей публикации работ ученых, претендующих на звания кандидатов и докторов медицинских наук. Главным редактором журнала становится главный научный сотрудник отделения неотложной нейрохирургии НИИ скорой помощи им. Н.В. Склифосовского, профессор В.В. Лебедев, чья научные и практические интересы были в основном связаны с  лечением пациентов с цереброваскулярными заболеваниями и пострадавших с черепно-мозговой травмой. В состав редколлегии и редсовета журнала были привлечены авторитетные нейрохирурги из Москвы, Санкт-Петербурга, Уфы, Новосибирска, Тюмени, Краснодара и Ростова-на-Дону. После смерти В.В. Лебедева главным редактором журнала стал его ученик, академик РАН, профессор В.В. Крылов, руководитель отделения неотложной нейрохирургии ГБУЗ «Научно-исследовательский институт скорой помощи им. Н.В. Склифосовского Департамента здравоохранения г. Москвы», заведующий кафедрой нейрохирургии и нейрореанимации Московского государственного медико-стоматологического университета им. А.И. Евдокимова.